Cytospace(网络分析软件)

Cytospace是一个用以繁杂网络剖析的开源系统网络的手机软件，可协助客户集成化，剖析和数据可视化，它支持多种多样网络叙述文件格式，还可以用于Tab制表符隔开的文本文件或Microsoft Excel文档做为键入，或是利用计算机自身的在线编辑器控制模块立即搭建网络。

　　支持多种多样规范

　　Cytoscape支持许多 规范的网络和注解格式文件，包含：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 还支持限制的文本文档和MS Excel? Workbook，您能够 导进由别的程序运行或excel表程序流程转化成的数据库文件，如表述谱或GO注解。应用该作用，您能够 载入和储存节点、边和网络上的随意特性。比如，为您的蛋白质键入一组自定注解专业术语，为您的蛋白质-蛋白质相互作用建立一组相信 值。

　　公共数据库手机客户端

　　Cytoscape是做为一个网络服务项目手机客户端工作中的，这代表着Cytoscape能够 立即联接外界公共数据库，导进网络和注解数据信息。这代表着Cytoscape能够 立即联接到外界公共数据库，并导进网络和注解数据信息。现阶段，大家支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。大家还将再次为受欢迎数据库开发新的服务项目手机客户端。

　　互用

　　因为Cytoscape支持导进/导出来规范格式文件，你能非常容易地将Cytoscape放进你的工作内容中。比如，假如你有一个由 igraph 或 Bioconductor 转化成的网络数据信息，Cytoscape 能够 将该文件以文字表的方式载入，并以 PSI-MI 文件格式导出来，供别的生物信息学专用工具或你自己的程序运行/脚本制作应用。

　　从 3.3 版本号刚开始，Cytoscape 支持 RESTful API 的程序编写浏览。你能应用你挑选的计算机语言来浏览Cytoscape的关键作用，如建立网络，运用合理布局，或图象导出来。

　　对话文档

　　你能根据一键储存你的工作中。全部的设定、数据库文件和数据可视化都装包在一个对话文档中。它被称作Cytoscape对话（.cys）文档。Cytoscape 对话文档包含网络、特性(节点/边沿/网络)、桌面上情况(挑选/掩藏节点和边沿、对话框尺寸)、特性、一些软件情况和数据可视化设计风格。

　　合理布局

　　在二维空间合理布局网络。 有多种多样合理布局优化算法可提供选择，包含循环系统、树型、力导向性、边沿权重计算和yFiles有机化学合理布局。您还可以应用类似别的图型程序运行操作界面的手动式合理布局专用工具。

　　图象导出来

　　您能够 将网络导出来为可公布的高品质图象。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量素材图象（PDF和PS）能够 根据别的程序运行（如Adobe Illustrator）开展改动，以进一步提高。

　　VizMapper

　　应用强劲的VisualStyles自定网络数据信息显示信息。在网络上查询基因的表达比和p值的累加。#160; 表述数据信息能够 依据客户配备的色调和数据可视化计划方案，投射到节点色调、标识、界限薄厚或界限色调等。

　　挑选

　　过虑网络，以依据当今数据信息挑选节点和/或相互作用的非空子集。 比如，客户能够 依据基因的表达数据加载的p值，挑选参加互动的阀值总数的节点、共享资源特殊GO注解的节点，或在一个或好几个标准下基因的表达水准产生明显转变的节点。您能够 从过虑結果中建立新的网络。

　　查找

　　从检索对话框检索总体目标节点和边。Lucene英语的语法支持随意繁杂的查寻。

　　访问

　　变大/变小和平移变换访问网络。应用网络管理工具能够 轻轻松松机构好几个网络。并且这类构造能够 储存在对话文档中。应用全景图轻轻松松访问大中型网络。根据高效率的3D渲染模块轻轻松松访问大中型网络（100,000 节点和边）。

　　搜索控制模块/群集

　　找寻活跃性的子网络/方式控制模块。依据基因的表达数据信息对网络开展挑选，找到相互作用的联接集，即相互作用子网络，其遗传基因主要表现出尤其高的差别表述水准。 每一个子网络中包括的相互作用为操纵观查到的表述转变的管控和数据信号传输相互作用出示了假定。在一切载入到Cytoscape中的网络中寻找簇（高宽比相连接的地区）。依据网络的种类，簇的含意很有可能不一样。比如，蛋白质-蛋白质相互作用网络中的簇已被证实是蛋白质一氧化氮合酶和方式的一部分。蛋白质相似度网络中的簇意味着蛋白质大家族。

　　应用管理器和应用商城

　　可用以网络和分子结构轮廊剖析的App。Cytoscape是一个用Java撰写的手机软件，你能根据撰写Java编码来撰写自身的App开展数据统计分析、导进和数据可视化。大量的Apps能够 在Cytoscape App Store中寻找。你能在App Manager中一键安装绝大多数Apps，或是立即从App Store中安裝（它是Cytoscape 3的一个作用）。

【版本更新】

　　Cytoscape 3.8是Cytoscapepc端，升级了操作界面和3D渲染模块。

　　迅速的3D渲染速率

　　提升了3D渲染特性，并提升了与大中型网络的互动。Cytoscape如今为高达10,000个节点和3,000,000条边的网络出示了互动式客户体验。

　　新的控制面板选择项

　　你的Cytoscape工作中室内空间现在可以根据新的工作中室内空间控制面板系统软件来订制你的能用显示屏室内空间。控制面板现在可以降到最低，设定为波动，或停靠工作中室内空间中。

　　自定菜单栏

　　您现在可以挑选新项目什么时候出現在菜单栏中，降低乱七八糟的状况，并让您快速访问最常见的专用工具。

　　升级的解析器程序运行

　　网络解析器的关键程序运行早已再次设计方案。改善了操作界面，并提升了对Cytoscape自动化技术的支持，便于于从脚本制作和剖析工作流引擎中浏览。

　　标识重新定位专用工具

　　现在可以在网络主视图中迅速形象化地精准定位标识。

　　CyBrowser JavaFX升级

　　CyBrowser，Cytoscape 的浏览器工具，早已升级为应用 JavaFX 13。CyBrowser如今与当代网页页面和程序运行有更大的兼容模式。

　　支持Java 11

　　Cytoscape与Java 11适配，与全新的Java支持保持一致。Cytoscape 捆缚了一个 AdoptOpenjdk JVM。

　　CyNDEx-2升级

　　CyNDEx-2已升级为支持Swing操作界面，明显降低了开机时间并提升了可靠性。

　　CX支持升级

　　对CX数据传输文件格式的支持逐步完善，推动了Cytoscape桌面上和别的生态体系部件中间网络数据信息的靠谱传送。