Ledock(分子对接软件)

Ledock是一款分子对接软件，适用规模性虚似挑选，其运作速度更快，分子对接根据配位与蛋白激酶功效的“锁-钥基本原理”，仿真模拟小分子水配位与蛋白激酶分子伴侣相互影响，从业有关学科建设的盆友很有可能会采用！

使用方法

　　软件有两个菜单栏，在其中LePro用以分子结构蛋白质解决，可除去蛋白质中的正离子、金属材料、水分等，会生成分子对接要采用的IN文件。在明确了对接主要参数后，可应用LeDock新项目来开展分子对接。

　　一、蛋白质提前准备

　　在LePro标识的Protein input中挑选3cl0.pdb的路径（留意路径中不可以带有汉语），随后软件会全自动在挑选在该路径下生成pro.pdb（解决之后的蛋白质的pdb文件）及dock.in（用以下步分子对接的主要参数文件），点一下Add Hydrogen，所述两个文件便会立刻生成。dock.in文件包含了均方根误差（RMSD），Binding pocket及Number of binding poses。RMSD表明对接出去的构象聚类算法时RMSD的截断值；Binding pocket表明融合结构域的3维座标，各自为Xmin Xmax，yminymax，Zmin Zmax；Numberof binding poses表明生成的构象数量，经聚类算法后造成的构象数会低于以前所生成的数量。

　　二、分子对接

　　在LeDock标识的Protein input，Docking input中各自特定上一步生成的pro.pdb与dock.in文件的路径，在Ligand input中特定必须开展对接的配位——lig.mol2的路径（该路径需和前2个文件的路径同样，且对接的分子结构必须为mol2文件格式）。最终，点一下Start docking，会生成Iig.dok文件（对接造成的化学物质构象所属文件），该文件能用Pymol来观察化学物质的构象。