Geneious(含序列号)

GeneiousPrime2020是一款技术专业的分子生物学分析APP。此软件极致适用信息的管理方法实际操作，适用迅速拖放插进数据信息，可以迅速查和分析，包括与序列和基因遗传有关的任何数据信息，在制定和搭建层面彻底没有的限定。

软件功能

一、开启序列数据信息的值

1、序列分析与分子生物学

友善的形象化页面，包括用以Sanger，NGS和长读序列分析的基本上分子生物学专用工具，包括成双和多种核对，从头开始拼装，做图，表述分析，组合读取，NGS交互，序列和色谱分析，全自动注释，及其系统树的搭建。

2、生物学

在一个页面中实行各种各样复制和引物设计实际操作。全自动注释质粒图谱和表达载体。仿真模拟各种各样分子克隆实际操作，包括约束性复制，Gibson拼装，Gateway复制和TOPO复制。设计方案和检测引物设计，寻找CRISPR结构域，并提升密码子。

3、数据库管理

只需拖放即可以通用性格式文件（包括Genbank，SnapGene，FASTQ，FASTA，BAM，VCF，GFF）导进，导出来和变换序列，注释和注释，或导进详细的VectorNTI数据库查询。根据全自动过虑文本文档过虑，批处理命令重新命名和文本文档历史数据的方法来分配和访问数据库查询。适用Mac，Windows和Linux。

二、您科研的骨干力量

1、自动化技术

建立自身的自动化技术工作内容或应用内嵌的工作内容来提高工作效率，操纵工作流程并降低科学研究中的人为因素不正确。立即接入到数据库查询，包括UniProt，NCBI（Entrez），BLAST和PubMed。数据库查询检索可以全自动开展，使您可以持续接受相关基因，序列和蛋白质的功能的最新消息。

2、协作

依靠根据文件夹名称的形象化机构和无缝拼接集成化的分享数据库查询，可跨精英团队变换数据库管理，提升步骤高效率并改进合作。还能够选购GeneiousServer数据库查询，以更高級其他决策权和更好的完整性来选购贵机构根据规范分享数据库查询开展的数据信息浏览。

3、订制

根据大家可用以拼装，核对，系统发育等的软件结合，拓展GeneiousPrime的作用。与目前信息系统集成，并应用高宽比可互操作性的API加上您自身的自定优化算法。

三、慷慨大方的国家总理已包含

1、NGS预备处理

导进Illumina，PacBio和NanoPore载入

剪修，过虑调解重复使用单端合成对端数据信息

合拼匹配的读

反复数据删除

不正确改正和规范性

滤掉嵌合体

2、绘图和再次拼装

只需在业内领跑的绘图优化算法和从头开始拼装优化算法中间转换

适用选编Sanger和NGS数据信息，包括一切长短的Illumina，PacBio和Oxford纳米技术孔载入，包括二端载入和混和安装

拼装微生物菌种基因，质粒和别的环形序列时造成环形重叠群

基因较为和MAUVE基因核对完毕

投射程序流程包括Geneious，GeneiousforRNASeq，BBMap，Minimap2，Bowtie2和TopHat

从头开始拼装优化算法，包括Geneious，SPAdes，Flye，MIRA，Tadpole和Velvet

3、组合读取和表述分析

应用Geneious或FreeBayes读取SNP/组合

应用同歩的基因主视图对报表結果开展即时过虑

在投射的RNA-seq数据信息上测算和较为表述水准

应用PCA和火山图开展交互

4、序列分析

剪修，拼装和查询Sanger转录组测序追踪文档

更改基本读取并建立的共识序列

注释主题风格，ORF和反复

预测分析dna和构造原素

根据对于数据库查询的同质性检索开展即时注释

快速翻译挑选具体内容，或表明注释或选定架构的翻译工作

动态图片和统计数据，用以序列特点，比如pI，相对分子质量，溶点，AA构成等

5、序列核对

DNA或蛋白的多种合成对序列核对，包括全基因核对

与包括GeneiousAligner，MUSCLE，MAFFT，ClustalOmega，MAUVE和LastZ以内的可靠优化算法保持一致

应用即时翻译和突显查询和编缉线路

6、系统发育学

应用Geneious树搭建器，MrBayes，PAUP*，PhyML，RAxML等搭建树

交互，编缉和标识您的树

互动式间距引流矩阵查看器

出版发行品质出入口

7、微卫星分析

导进初始ABI追踪文档

剪修，预测分析和手动式调节峰

Bin进到等位基因

造成等位基因读取的报表导出

8、分子克隆

查询质粒图谱，全自动注释媒介及其含有注释的拷贝序列

一步式GoldenGate（IIS种类）和限定复制

根据开放阅读框的复制，包括Gibson，GeneArt和In-Fusion

TOPO复制

复制实际操作的爸爸妈妈/子孙后代血系跟踪

密码子提升和反方向翻译工作

沉默无言基因突变分析以发觉潜在性的约束性酶切位点

仿真模拟PCR，消化吸收和联接

CRISPR网站搜索器

9、面漆设计方案

全自动设计方案对于一切靶点地区或全部序列的PCR和转录组测序引物设计及其混种杂交探头

在序列主视图中轻轻松松加上引物设计

设计方案基本上和简并PCR引物设计

在设计过程以前，当中或以后加上和删掉引物设计序列的拓宽

引物设计非特异检测，以查验模版序列上是不是有别的融合结构域

挑选化学性质，头箍和引物二聚体

以FASTA，excel表或GenBank文件格式拖放引物设计

【APP闪光点】

1、分析CRISPR编缉結果（2020.2）

轻轻松松两端对齐，聚类分析和交互CRISPR编缉试验中的NGS读值。根据您挑选的应用软件（包括HDR，NHEJ和基本编辑软件）分析组合的工作频率以及蛋清效用。

2、加强型检索选择项（2020.2）

根据一个统一的页面快速访问您的文本文档，文件夹名称，分析专用工具和近期查询的新项目。

3、密码子提升和反方向翻译工作改善（2020、2020.1和2020.2）

2020.2将鼠标悬停在提升密码子上，以获得相关同义词密码子以及频次的其他信息。

2020.1为实体模型生物体订制密码子提升主要参数。

2020年全新升级的密码子蚁群算法使您可以利用从蛋白或多肽链序列逐渐转化成新序列，来配对选定生物的密码子使用方法。

4、分析CRISPR编缉結果的新专用工具

从CRISPR编缉试验的結果中核对NGS转录组测序并使其聚类分析

适用各种各样应用软件，包括HDR，NHEJ和基本上编辑软件

交互与未基因突变参照序列对比的组合

分析组合的工作频率以及蛋清效用

5、提高的检索页面

应用文字查看从单独一个统一页面即时检索文件夹名称和文本文档

检索GeneiousPrime中可以用的分析专用工具（实际操作）的新作用

轻轻松松訪問别的高级检索选择项

快速访问近期查询的文件夹名称和文本文档

6、密码子提升改善

相关提升密码子注释的信息内容专用工具提醒可在选定密码子应用表格中给予相关同义词密码子以及频次的信息内容

如今，在根据挑选注释提升挑选的地区时，将考虑到包括专一性和CDScodon_start信息内容以内的注释特性

当以好几个间距提升选中注释时，跨间距提升挑选，而且容许密码子超越邻近间距

当提升反向选择地区时，反向互补序列如今已提升